Uno de los principales ejes de actuación del Museo de Educación Ambiental lo constituye el programa Educación para la Sostenibilidad, consistente en distintas actividades dirigidas por educadoras ambientales y dirigida a alumnado de educación infantil, educación primaria, educación secundaria, bachillerato, formación profesional y universitaria, en castellano y euskera.
La actual oferta, con algunas novedades como consecuencia de la experiencia obtenida en las ocho ediciones anteriores, comprende 20 tipos de visitas adaptadas al ciclo correspondiente.